草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

　　2131年，地球爆发大规模的世界大战，各大主要城市尽成废墟，人们流离失所。讽刺的是，这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地，以此作为幸存者的理想国。
　　少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗，危急时刻，她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体，如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子，琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达，而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安，它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密……

　　影院正在上映奇侠电影《风云公主大冒险》，鸣人（竹内顺子 配音）情不自禁大声喧哗，结果连同波佐助（杉山纪彰 配音）、小樱（中村千绘 配音）一同被赶出电影院。正当鸣人望着电影海报发呆时，竟发现风云公主骑着快马从身边呼啸而过，其身后另有数名骑马的追兵。三人未作迟疑，起身相助。结果从卡卡西口中得知，追兵的头目竟是此次任务的委托人，逃跑的风云公主则是影片的女主角富士风雪绘。原来《风云公主大冒险》的结局将在雪之国，可当雪绘听说这个名字后经落荒而逃，卡卡西他们的任务正是担当雪绘的护卫。似乎，在雪绘和雪之国之间，隐藏着不为人知的秘密……
　　本片为《火影忍者》第一部剧场版动画。

　　佐为已离开，但光的围棋生涯还在继续。接续动画版的剧情，这部是之后推出的OVA，讲述了这群年轻棋手们的北斗杯之旅。
　　经过一番努力和征战，进藤光（川上伦子 配音）终于成为了一名职业棋手，这是对自己能力的认可也是全新的开始。成为职业棋手后的光从棋院那得知了北斗杯的消息，这是为18岁以下的年轻人举办的围棋赛，会有来自中国、韩国等围棋强国的青少年参与。兴致勃勃的光把这个消息告诉了塔矢亮（小林沙苗 配音），亮听到后一脸淡然的说自己已经是北斗杯确定的参与选手了。而光还得参与预选赛，才有资格和亮一起站在北斗杯的现场，通往北斗杯之路就此拉开。

　　正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
　　另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。
　　真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！

　　在美丽的阿斯卡岛上，流传着这样一个传说：数千年前，岛民极为害怕红色满月的出现。为了消除恐慌，神赐予岛上的国王盾牌和七星剑，然而当七星剑和红色满月同时出现时，黑暗便会支配整个大地。
　　暂时落脚阿斯卡岛的草帽海贼团遭到海军追捕，而此时原本守护船只的索隆却离奇消失。在娜美的坚持下，众人重返小岛，却来到一个陌生所在，继而遇见持有三颗美玉的美丽少女玛雅。另一方面，索隆在岛上的海军道场重逢当年的盟友萨卡。由于玛雅的关系，索隆和香吉士大打出手。而这一切，都和萨卡手中持有的七星剑有关。这把传说中的宝剑，其所隐藏的秘密渐渐浮出水面……

　　春野一家人住在宁静祥和的小山村，他们的生活恬淡幸福，不过家族成员却各有各的烦恼。祖父（我修院達也 饰）性格古怪，行为乖张，醉心于私动画的制作；父亲（三浦友和 饰）是一位驻家催眠治疗师，他专心工作，无暇他顾；妻子美子（手塚理美 饰）总算暂时从育子的繁忙生活中解脱出来，于是决定重拾餐桌卡的绘画工作。夫妻俩鲜少交流，隔阂暗生；就读中学的长子阿一（佐藤貴広 饰）恋上新来的转校生，他徘徊犹豫，始终不敢表达；刚上小学的女儿幸子（坂野真弥 饰）总以为自己的头颅在不断变大，这个奇怪的幻想让她倍感困扰。
　　吊儿郎当的叔叔（浅野忠信 饰）从东京回来，为这个平凡却又有些奇怪的家庭吹进一丝生气……

　　自小一起长大的少女花（铃木杏）与艾丽斯（苍井优）是一对亲密好友，但两人性格迥异，艾丽斯活泼好动，见爱就追，花则天性害羞，不敢同喜欢的男生讲话。在每天陪伴艾丽斯尾随其一见钟情的高校男生时，花也偷偷恋上了经常与该男生结伴同行的宫本。
　　花与艾丽斯双双考进宫本所念书的高校，花也设法成为了宫本所在的相声社团的社员。某次意外令宫本患上短暂性的“记忆丧失”，花趁机编出其是宫本曾开口示爱的对象，两人谈起伪恋爱。眼看谎言越撒越多接近无法收场，花情急之中把艾丽斯拉了进来，不想她自己成了“电灯泡”。