柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。
　　大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。
　　开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

　　为了应对越来越复杂的恐怖行动，日本警方成立了独立于特殊急袭部队（SIT）和特殊搜查班（SAT）之外的“第3个S”——警察厅特殊急袭搜查组（NPS）。NPS以逮捕嫌疑人为立足点，在平息暴乱的同时，最大限度保证嫌疑人的安全。由于这个奇怪的特性，因此NPS从成立之初就和SIT等兄弟部队多有龃龉。当然在历次行动过程中，热血警察神御藏一号（向井理 饰）和从SIT转来的头号狙击手苏我伊织（绫野刚 饰）培养出别样的友情。某日，东京发生巴士劫持事件，神御藏和伙伴们立刻出击，然而劫匪的行为举止甚为怪异。与此同时，一艘装载着足以炸毁日本的核燃料的货轮遭到劫持。空前的危机考验着NPS的各位……
　　本片根据小森阳一（原作）、藤堂裕（作画）的漫画改编，是同名日剧的电影版。

　　草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

　　早在远古时期，人类和龙和谐地生活在一起，然而野心勃勃的人类选择了海洋和大地，栖身东方国度；渴望自由的龙则选择风和火，隐藏在西方世界，两者从此不再有交集。直到某天，两条龙出现在人类的世界，并且相互厮杀，这一事件给人类带来难以估量的影响。上千头牲畜死亡，无数农作物枯死，干旱、饥荒、瘟疫蔓延，世界逐渐失衡，人类社会崩溃在即。大法师格德四处寻找灾难的根源，在这一过程中他遇见了惧怕影子的17岁少年——英拉德王子亚刃。这注定以一段不平凡的旅程……
　　本片根据美国女性奇幻文学作家娥苏拉•勒瑰恩（UrsulaK.LeGuin）的“地海系列”原著改编，有宫崎骏之子宫崎吾郎主持制作。