2131年，地球爆发大规模的世界大战，各大主要城市尽成废墟，人们流离失所。讽刺的是，这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地，以此作为幸存者的理想国。
　　少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗，危急时刻，她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体，如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子，琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达，而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安，它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密……

　　某日，小新（矢岛晶子 配音）一家人来到一间废弃的电影院中寻找失踪的风间（真柴摩利 配音），哪知道竟被吸入了荧幕之中，穿越到了一个名为“正义之都”的西部小镇内。这里的统治者是名为杰士提斯（小林清志 配音）的男子，在他的铁腕政策下，居民们生活得十分压抑困苦。
　　在酒吧里，小新找到了风间，可此时的风间已经成为了小镇里的警长。之后，小新邂逅了名为小椿（齐藤彩夏 配音）的女孩，她不仅屡屡向小新一行人伸出援手，还替他们找到了安身之所。小椿希望有朝一日能够推翻杰士提斯的统治，小新决定助她一臂之力，广志（藤原启治 配音）发现若是想要从电影中脱身，那就必须顺应剧本将电影演完，一场精彩的大戏就此拉开序幕。

　　自小一起长大的少女花（铃木杏）与艾丽斯（苍井优）是一对亲密好友，但两人性格迥异，艾丽斯活泼好动，见爱就追，花则天性害羞，不敢同喜欢的男生讲话。在每天陪伴艾丽斯尾随其一见钟情的高校男生时，花也偷偷恋上了经常与该男生结伴同行的宫本。
　　花与艾丽斯双双考进宫本所念书的高校，花也设法成为了宫本所在的相声社团的社员。某次意外令宫本患上短暂性的“记忆丧失”，花趁机编出其是宫本曾开口示爱的对象，两人谈起伪恋爱。眼看谎言越撒越多接近无法收场，花情急之中把艾丽斯拉了进来，不想她自己成了“电灯泡”。

　　平凡的一天，大雄偶然邂逅一条机灵可爱的小狗。小狗对他分外依恋，大雄无奈之下，只得拜托哆啦A梦想办法收养。与此同时，周围被丢弃的小猫小狗越来越多，小伙伴们忧心忡忡，甚至在后山也找不到小动物们借以安身立命之所。万般无奈之下，大雄他们将小动物带到连恐龙都尚未诞生的史前时代，利用进化退化枪促成动物们进化。次日，小伙伴们按照约定前去看望小动物，结果在时空隧道中遭到乱流。来到了比前一天万一千年的时代。此时，猫狗国已空前繁荣，他们在这里结识了小八等一种好友。不久得知地球将遭到陨石的撞击，而猫狗国内部也在酝酿着一个阴谋。新的冒险就此展开……
　　本片为哆啦A梦剧场版25周年纪念作品。

　　战争之后，日本被分为南北两个部分。美军统治下的青森县，少年藤泽浩纪和白川拓也都喜欢同年级的同学泽度佐由理。他们的心中都有佐由理，还有那个东西——边境以北的津轻海峡，日本北海道联盟建立的高耸云端的“塔”。巨大而神秘的的塔，是三位少年少女的向往，他们约定，建造小型飞机，飞向 塔去一探究竟。
　　中学三年级佐由理转学到东京。两位少年放弃了制造飞机的打算。浩纪考进东京的高中，拓也继续留在青森的高中就学，彼此在各自的道路上越走越远。
　　但是，多年后，佐由理在医院中陷入沉睡！这突如其来的病症让三人再次聚在一起。沉睡的病症，与塔的力量有神秘的联系，而塔本身，似乎也成了日本南北开战的据点。
　　卷入战争与爱情的三人，到底是救佐由理，还是救世界！命运的解答，似乎就在云的那一端，他们曾经约定的地方。

　　佐为已离开，但光的围棋生涯还在继续。接续动画版的剧情，这部是之后推出的OVA，讲述了这群年轻棋手们的北斗杯之旅。
　　经过一番努力和征战，进藤光（川上伦子 配音）终于成为了一名职业棋手，这是对自己能力的认可也是全新的开始。成为职业棋手后的光从棋院那得知了北斗杯的消息，这是为18岁以下的年轻人举办的围棋赛，会有来自中国、韩国等围棋强国的青少年参与。兴致勃勃的光把这个消息告诉了塔矢亮（小林沙苗 配音），亮听到后一脸淡然的说自己已经是北斗杯确定的参与选手了。而光还得参与预选赛，才有资格和亮一起站在北斗杯的现场，通往北斗杯之路就此拉开。

　　蓬莱岛，相传为古时候的神之岛，秦始皇曾派徐福及三千童男童女寻找蓬莱，以觅长生不老之方。岛上生活着人类、妖怪和半妖，他们和睦相处，自由自在。为了防止半妖受到伤害，巫女奏使用法术使蓬莱岛隐藏起来，每隔50年才会伴着浓雾出现一次。然而邪恶的四斗神趁小岛结界虚弱之际潜入，污染鸣动之窑，对岛上居民进行无情统治和屠杀。在戈薇到达战国时代的50年前，犬夜叉曾和桔梗乘船登上蓬莱，结果遭遇四斗神。在交战中，犬夜叉的力量被四斗神封印。
　　50年后，蓬莱岛再次出现。半妖阿蓝趁机逃出，遭到四斗神一路追杀，最后幸被犬夜叉一行救下。为了拯救岛上居民，犬夜叉、戈薇等人决定踏入蓬莱。另一方面，阿蓝的姐姐浅葱决定跳入窑中保全兄弟姐妹们的性命……

　　草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。