浩瀚世界的某个神秘角落，残存着深不见底的巨大洞穴。据说里面藏着各种怪物和宝物，每深入一层，所知所见便愈加稀有。正因为这无穷无尽的魅力，吸引着为数众多的“探窟家”冒着被诅咒的危险前往深渊。级别最低的红笛莉可（富田美忧 配音）生活在一个孤儿院中，而孤儿院则培养他们探索深渊的各种技能，并把带回来的宝物上交。这一天，莉可在深渊意外发现一个高度方针的机器人，随后将其带回孤儿院，并起名雷古（伊濑茉莉也 配音）。有意思的是，雷古对自己机器人的身份倍感困惑，更对身世一无所知。为了探寻雷古的身份，并且寻找贵为白笛的母亲的下落，莉可一行朝着深渊深处进发……
　　本片根据日本漫画家土笔章人创作的漫画作品改编。

自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。                                                                      　　其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。

　　世界观
　　故事发生在时间和地点皆无法判明的超未来。
　　世界由高度发达的网络（软件）和作为其现实载体的超构造体（硬件）所构成。本该是得益于科技繁荣发展的人类却由于一场灾难丧失了连接网络的资格和能力（相当于公民权）。
　　没有了支配者的AI依据管理规定开始排斥失去了网络连接资格的人类。而忘却了曾经的繁荣的人们，只能在管理系统的阴影下苟且偷生。本作的舞台就被设定在这样一个人类日渐衰亡的世界。
　　都市构造体
　　作为舞台的世界就像一个巨大的高楼或者说是连接了所有建筑的巨大都市。大部分为超构造体所遮蔽，形成了阶梯结构。由于建设者的失控，都市构造体正在无止境地扩大之中，就本作故事发生的时间为止至少已抵达木星轨道面。根据统治局描述，正是都市的这样漫无目的地成长从根本上导致了波及全世界的混乱。其结果毋庸置疑的人口密度极度下降。
　　环境
　　就都市构造体所涉及的范畴由于其间散布的纳米机器人的作用保证了生物学上的病毒的排除实现了无菌状态。而这一成果则是由曾经机能正常运转时候的网络球给予统治局的指示所实现的。同一作者的《BIOMEGA》和《DEADHEADS》作品主体中的由于强力病毒引发的传染病在本作中原则上是不可能发生的。从这些设定中可以推断作为网络終端遗传因子的变异原因的“感染”不等同于其字面上的感染，很有可能是由于系统逻辑上的分歧所引起的。
　　故事大纲
　　探索者雾亥流浪在数千层无边无际的巨大阶梯都市之中。手持可以贯穿一切物质的重力子放射线射出装置追寻着网络終端遗传因子。