宇宙中一个超级黑洞，正在向塞博特恩袭来。但是，没有任何对抗这个黑洞的手段，塞博特恩只有被消灭的命运。就在这个时候，一个叫引天行的古代战士穿越时空，来到了塞博特恩。引天行声称只有一种叫“Planet Force 行星之力”的东西可以拯救塞博特恩。“行星之力”是由创造宇宙的元始天尊的火种制造，它们有着具有巨大的威力。运用这种力量，就可以摧毁黑洞，恢复所有被吞噬的星球。为了争夺这些上古圣物，两派争端再起。随着4个藏有行星之力的星球逐步被发现，原来越多风格各异的变形金刚卷了进来。烈焰擎天柱、火线擎天柱、守护擎天柱、巨神擎天柱，他们是敌是友，他们能否帮助星辰擎天柱最终摧毁黑洞，战胜神尊威震天。这一切都将在华丽的CG动画中完美展现。

　　故事发生在风景如画的北海道小樽市，性格胆小懦弱的千濑（折笠富美子 配音）喜欢上了稳重可靠的修次（石母田史朗 配音），鼓起勇气告白之后，两人走到了一起，并且开始交换日记。
　　某日，神秘的敌人出现在了札幌市，紧接着到来的是猛烈的攻击，从空袭之中侥幸逃脱的修次看到空中漂浮着少女的身影，她有着钢铁的翅膀和巨大的机械手臂，正在和敌人进行着殊死战斗，令修次怎么也无法相信的是，这名少女正是千濑。原来，千濑被日本军方改造成为了强大的人体兵器，用来和敌人作战，而随着身体的不断改造和能力的不断增强，千濑的精神和肉体都来到了崩溃的边缘。

　　自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。
　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

　　森の民の少年ポポは、平和な森に異変が起きた原因を調べるため旅立った父ペレの帰りを待ちわびていた。しかし森の異変は、ポポの母ピアまで変えてしまう。父ならば、母を助ける手がかりが分かるかもしれない。ポポは父に託されたドングリ型のペンダント「守護者の証」を胸に、父を追って旅立つ。
　　旅の途中、ポポが持つ「守護者の証」を狙って、森の破滅を願うアダーと手下たちが、赤い目の甲虫を操りポポを襲撃するが、そのたびに何処からともなく巨大なカブトムシ「ムシキング」が現れポポを護るのだった。

　　師走を迎えた冬の鎌倉。街で舞夏の姿を見かけたという皐月の言葉に、一夏は困惑する。どれほど願っても、夏と共に消えた彼女との再会は叶わぬはずだった。しかし、クリスマスイヴの夜。15歳の誕生日を明日に控えた一夏の前に、舞夏と瓜2つの少女“舞冬”が現れる。