某一天，地球上出现了不明来由的RR病毒，将世界卷入灾难之中。受到感染的动物变异成为可怕的怪兽，大举入侵，人类面临毁灭之际筑起了围墙，成立基地市作为人类最后的堡垒。人类在这一段时间经历的磨难，被称为“大涅槃时期”。在极端的生存环境下，人类的体能也在逐渐地进步发展，尚武之风兴起，人类的身体素质相比以前有了质的飞越。而这其中的佼佼者，被称为“武者”。 18岁的罗峰也梦想着成为其中的一员。此时的他即将高考，正面临着人生十字路口的抉择，却不料怪兽的一次袭击影响了他的人生轨迹。在强大怪兽的威胁之下，市内居民面临危险，
在新的动荡的预感前，有一个短暂的幕间故事——古城和雪菜在围绕圣歼的与沃特勒的战斗中获胜。古城堡因为弓神岛被划分为自己的“夜晚帝国”而成为了岛上的实际统治者。我过着和以前没什么变化的日常生活。就在这个时候，关于弓神岛周边海域发生的原因不明的海难事故，狮子王机关和太史局将进行联合调查。另一方面，古城被呼唤自己的声音吵醒了。在他记忆模糊的视野里，雪菜红着脸，好像是睡在自己的包里。“前辈……我把重要的东西弄丢了……”
故事发生在彩玉大学的理科研究室内，冰室菖蒲（雨宫天 配音）和雪村心夜（内田雄马 配音）是在这里工作的两名研究生。某日，让心夜没有想到的是，自己竟然收到了菖蒲的告白。所为万事以科学为上的理科研究生，对于爱情自然也要用符合逻辑的证据去证伪，为了证明菖蒲对自己的爱确有其事有迹可循，心夜带领着整个实验室开始了对爱的实验。 每天都像佣人一样被使唤来使唤去的解说员奏言叶（原奈津子 配音）、性格反复无常，过于以自我为中心的棘田惠那（大森日雅 配音）、表面看来是个不良少年，实际上却是个死宅的犬饲虎辅（福岛润 配音），陪着菖蒲和心夜进行爱情实验的是这些可爱的研究员们。
野外社团，启程出发！ 野外活动社团，简称野外社团。部员仅有3人。校舍坐落于山梨县一角的本栖高校，位于学校一角的部室大楼，将如同「鳗鱼的床铺」一样狭长的大楼一角当做部室使用，慢悠悠的户外社团。各务原抚子今天也在狭窄的部室里打发时间，此时大垣千明和犬山葵突然宣告「现在就要出门旅行啰！」。带着不知所措的抚子，野外社团成员在全山梨东奔西走。尽情品味各地名物而展开的女高中生奇异之旅，旅途的终点在哪里！？
