本剧由四宗发生在香港，扣人心弦的真实刑案，带出四个令人惊惧的罪行。藉由一队重案组的警探办案实录贯穿而成，包括耸人听闻的「屯门色魔强奸案」，喧腾一时的桃色纠纷「溶尸案」，使市民提心吊胆的「大圈仔军火械劫案」，及「淫业大厦扫黄行动」案件，生动地描绘各阶层犯罪的人性丑恶。而编剧为了加强剧中人物与案件的关连性，特别穿插男女主角CID张兆军（林嘉华）、女CID丁兰（蓝洁瑛）、重案组总督察方伟（陶大宇）、扫黄组女总督察刘婉仪（梁婉静）及聂志华（张国强）一段微妙的五角感情关系，交错编织成属于都市人性化的实录档案。
展瀚韬（马德钟 饰）是飞虎队的指挥官，在他的带领下，飞虎队一众精明强干的队员们屡创佳绩。随着时间的推移，俞学礼（罗仲谦 饰）和庄卓源（梁烈唯 饰）等队员门熬出了头，升级成为师兄，肩负着教导后辈为他们做榜样的重任。 巾帼不让须眉的女队员苏文强（黄智雯 饰）实力十分强悍，令人刮目相看。在一次行动中，凶恶的绑匪挟持了人质，令飞虎队员们没有想到的是，绑匪提出了一个奇怪的要求——见一位名叫钟韦恩（钟嘉欣 饰）的情报科女探员。然而，令众人头痛的是，钟韦恩失踪多时，没有人知道她的下落，气氛一下子变得紧张起来。好在钟韦恩及时出现，解救人质的行动最终以成功告终。
明末崇祯年间，宦官曹化淳（刘一帆饰）权力势大，密谋篡位，弄得朝廷乌烟瘴气，时盗贼四起，民不聊生，国运日衰，崇祯（张瑛饰）对曹化淳却无可奈何，后在长平公主（米雪饰）策划下，与昭仁公主（余安安饰）共同邀得袁崇焕儿子——武林第一高手中原桃花剑袁若飞（姜大卫饰）合作诛曹。此间长平公主与袁若飞互为知己，彼此钟情，只因国仇家恨种种恩怨终只换来一声叹息。 曹患刚灭，李自成（麦天恩饰）又率起义军直逼京师，崇祯欲用长平公主远交近攻之策对付李自成。为应对清廷开出的皇族出使才能和谈的条件长平公主与周世显（刘松仁饰）假意成婚。周世显出使清廷，不料成功回来之日方知京城已被乱兵所破，崇祯自缢煤山。 崇祯临死前下罪己诏为袁崇焕洗去冤屈，袁若飞放下家仇与长平公主护送太子逃亡。期间为护太子中了曹化淳义子左云苓（莫少聪饰）蛇毒断去右臂，后更因兵器被换被捉到清廷，此时周世显找到长平，长平被周世显真情打动与之相认，二人为救袁若飞假意归顺清廷，并将内力赠与袁若飞后在成亲之日双双饮毒殉国。而袁若飞终成功护送太子突围并击杀左云苓。
