本剧由四宗发生在香港，扣人心弦的真实刑案，带出四个令人惊惧的罪行。藉由一队重案组的警探办案实录贯穿而成，包括耸人听闻的「屯门色魔强奸案」，喧腾一时的桃色纠纷「溶尸案」，使市民提心吊胆的「大圈仔军火械劫案」，及「淫业大厦扫黄行动」案件，生动地描绘各阶层犯罪的人性丑恶。而编剧为了加强剧中人物与案件的关连性，特别穿插男女主角CID张兆军（林嘉华）、女CID丁兰（蓝洁瑛）、重案组总督察方伟（陶大宇）、扫黄组女总督察刘婉仪（梁婉静）及聂志华（张国强）一段微妙的五角感情关系，交错编织成属于都市人性化的实录档案。
明朝末年，武当派数位高手相继遇害。时隔多年，凶手仍然是个谜。当昔日遗孤——当俗家弟子耿玉京已长成翩翩少年时，与前来比武的东方亮不打不相识，成为了无话不谈的挚友。倏忽间，风云再起，先是泰昌帝服用武当红丸后暴毙，后是新任武当掌门又对耿玉京步步相逼。无奈之下，耿玉京离开了武当山，在“独行大盗”郑铁岗和其孙女郑巧儿的帮助下，秘密追查当年父母遇害的真相……在追查事情的过程中，他又先后遇到了少林僧人慧可、断魂谷谷主卢象升、昆仑西门燕等武林人士，最后还与辽东的努尔哈赤成为了忘年之交。当调查逐渐有了指向，昔年隐藏的真相逐渐显露端倪时，耿玉京终于发现了努尔哈赤鲸吞中原的野心，而自己的父母当初便是因此而被害。带着国仇和家恨，耿玉京、东方亮一行回到了武当，自此埋藏多年的谜案终于揭晓，内奸也受到了应有的惩罚。
