故事发生在盛唐时期，节度使霍正威（王伟 饰）奉命建造玉门关，急功近利的他竟然想到用男童和女童制成人桩巩固地基。霍正威的阴谋在无意之中被洪天佑（罗家英 饰）识破，再加上霍正威一直爱慕着洪天佑的妻子阮素竹（汪明荃 饰），于是设计暗算洪天佑导致他被判处了死刑，阮素竹留下了一儿一女月影（卢敏仪 饰）和逸飞（关礼杰 饰）后也跳楼自杀。 孤苦无依的两兄妹分别被马贼薛百川和喇嘛寺普尺法王收留，一晃眼多年过去，两人均已长大成人。逸飞十分好奇自己的身世，在探查过去的过程中，邂逅了名为色兰（刘玉翠 饰）的妙龄少女，两人情愫渐生。
从小被神奇婆婆抚养长大的阿日（郭晋安 饰）和阿月（张卫健 饰）是一对性格不尽相同的好兄弟，都练就了一身的好功夫，为人也都极尽狭义，被皇上御封为日月神侠。在闯荡江湖的过程中，他们先后邂逅了各种奇异之人、奇异之事，结识了千金大小姐裘菁菁（杨羚 饰），金华，银柳等人，阿日和阿月和她们发展了纠葛的多角恋。 在看似一切无恙的背后，却隐藏着一个惊天秘密，那就是阿月的身世之谜。原来阿日阿月均是仙魔大战的代表，只是阿日是代表正义的道半仙的儿子，而阿月则是魔尊之子。知道真相的阿月接受不了这个事实，在逼近仙魔大战百年纪念日的日期，阿月成了魔。曾经的好兄弟，现在却成了不共戴天的宿敌。日月神剑能否再度合璧？
