450年前，企图称霸宇宙的哈迪斯大帝战败而被幻神星人娜伦用史特拉石碑阵封印。 450年后的现代，为了复活哈迪斯，其手下佐拉博士派遣机动骑士与宇宙巨兽攻击地球。幸运的是，在此同时，幻星神兽雷零守亦因此苏醒，而原来平凡的高中生伊达翔太、真田由加以及就读京南大学的平贺真也，受到召唤化身成为幻星神战士，负责保护地球这一神圣使命。 一场星际战争，让人类文明在遥远的星球上开花结果。 一个战乱纷飞的年代，涌现出无数的英雄人物， 让“勇气”、“智慧”、“仁爱”三个力量拯救地球！
夏季庆典结束后，打烊了的学生们有一个E班的学生来到他们身边。第二天，在开班仪式上的讲台上竹林突然做出了与E组一起度过的4个多月如同地狱的样子。在知道竹林超过E组加入A组的E组学生试图说服他……。
“超”音速的索尼克（本·施瓦茨 Ben Schwartz 配音）与“超”呆萌的塔尔斯（科琳·欧肖内希 Colleen O'Shaughnessey 配音）和“超”强壮的纳克鲁斯（伊德里斯·艾尔巴 Idris Elba 配音），三人小队再次踏上欢乐冒险！这一次他们将面对前所未有的劲敌——夏特（基努·里维斯 Keanu Reeves 配音），然而索尼克小队与强大的夏特实力相差悬殊，为了解决这个棘手的神秘敌人，索尼克找到了老对手蛋头博士（金·凯瑞 Jim Carrey 饰）联手阻止夏特，关于夏特的秘密也逐渐浮出水面，这场危机背后还有更狡猾的黑手。索尼克小队能否团结一致击败夏特并拯救世界？
