紫鹤（陈天文 饰）和萧瑶（叶素梅 饰）约定退隐江湖，过离群索居的日子，然而，就在他们准备离开之时，紫鹤的师傅却将武当派掌门人的位子传给了紫鹤，悲愤的萧瑶自觉遭到了背叛，一怒之下，她创立了白莲教，与紫鹤势不两立，并与他定下了五年之约，五年后进行决战。 云飞（曹国辉 饰）的母亲被慕容家逼死，成年之后，他遇见了名为如烟（潘玲玲 饰）的女子，与此同时，云飞同母异父的兄弟天峰（陈泰鸣 饰）亦在追求着如烟。还珠爱上了善良正直的云飞，而还珠的父亲却是野心勃勃企图谋权逆反的镇南王。五年一晃眼就过去了，当紫鹤和萧瑶双双在决战中死去之时，云飞竟然成为了嫌疑最大的罪魁祸首。
时间进入21世纪，科技高度发达，人类已经发明出可以自由穿梭时空的时光机。在时空条例的管辖下，人们尽量不去打扰古人的生活，以免引起历史改变。 21世纪某天，地球遭到极热和极冷光束的袭击。为了探究原因，日本时空管理局派出训练有素的“时代战士”前往恐龙横行的白垩纪调查。在那里，他们遇见了来自格雷萨行星的阿尔塔夏公主（村野奈々美 饰）及其随从机器人吉伊。从公主口中，他们得知邪恶的格得密斯星人四处侵略，为了追杀公主千里迢迢来到地球，更意图毁灭人类。为了保护白垩纪的恐龙和地球，时代战士与入侵者展开连番大战。其中，格乌（大西徹也 饰）化身的超级战士克塞更是格得密斯星人最强劲的对手。不断升级的正邪之战，在遥远的白垩纪展开……
