该剧改编自步月浅妆的小说《权宠之仵作医妃》,讲述大理寺卿沈毅因卷入晋王案,全家惨遭灭门,其女沈莞借用秦府九娘子秦莞的身份逃到荆州。原本柔弱可欺的秦莞“性情大变”,不仅会治病救人,还能剖尸探案,顺带将秦府的伯母庶妹姨娘刁奴治得服服帖帖。探案期间秦结识了睿王世子燕迟,燕迟一心为晋王翻案,与秦莞为父昭雪的目标不谋而合,二人一起回京,途中联手破获了各式诡谲大案。回京后,一具意外发现的骸骨让晋王案得以重提,燕迟和秦莞一起慢慢接近了案件的真相,发现了皇宫里深藏的惊天秘密。
故事发生在1896年的纽约,那时的纽约一片繁荣景象,一边是科技的长足进步,一边是贫富差距的加剧。这时发生了一连串男童妓被残忍杀害的事件,新任警察局长(日后的第26任美国总统)西奥多·罗斯福找来了犯罪心理学家拉兹洛·克莱斯勒、记者约翰·摩尔去秘密调查。他们并非孤军奋战,时任局长秘书(日后成为首位女警探)莎拉·霍华德组织了一个行动小组,利用心理学和新兴的法医学,抽丝剥茧,去抓捕这个连环杀手。