该剧改编自步月浅妆的小说《权宠之仵作医妃》，讲述大理寺卿沈毅因卷入晋王案，全家惨遭灭门，其女沈莞借用秦府九娘子秦莞的身份逃到荆州。原本柔弱可欺的秦莞“性情大变”，不仅会治病救人，还能剖尸探案，顺带将秦府的伯母庶妹姨娘刁奴治得服服帖帖。探案期间秦结识了睿王世子燕迟，燕迟一心为晋王翻案，与秦莞为父昭雪的目标不谋而合，二人一起回京，途中联手破获了各式诡谲大案。回京后，一具意外发现的骸骨让晋王案得以重提，燕迟和秦莞一起慢慢接近了案件的真相，发现了皇宫里深藏的惊天秘密。
故事发生在1896年的纽约，那时的纽约一片繁荣景象，一边是科技的长足进步，一边是贫富差距的加剧。这时发生了一连串男童妓被残忍杀害的事件，新任警察局长（日后的第26任美国总统）西奥多·罗斯福找来了犯罪心理学家拉兹洛·克莱斯勒、记者约翰·摩尔去秘密调查。他们并非孤军奋战，时任局长秘书（日后成为首位女警探）莎拉·霍华德组织了一个行动小组，利用心理学和新兴的法医学，抽丝剥茧，去抓捕这个连环杀手。
