恐怖组织“瓦干布”渗透香港，在香港掀起一场化武争夺战，飞虎队总指挥范少锋（陈豪 饰）临危受命，率飞虎队与恐怖分子斗智斗勇。飞虎队身陷瓦干布的无情杀局，特勤队警司展博文（马德钟 饰）召集警界精英张伟桦（张兆辉 饰）、张嘉轩（黄宗泽 饰）和高子乐（吴卓羲 饰）成立秘密反恐小组S Team。面对重重危机，在国际刑警许俊飞（苗侨伟 饰）的协助下，中青两代最终放下恩怨情仇，联手阻止化武病毒在香港蔓延。
Father Brown（Mark Williams饰演，他是哈利珀特系列里的 Arthur Weasley 英国喜剧演员，编剧和主持人） 是切斯特顿笔下的著名侦探，矮个子，圆脑袋，身材胖儿可爱。手边常有一把标志性的大雨伞，他天性怕羞，说话有些结巴，看起来憨厚纯真，似乎与探案不搭边，却大智若愚，有着很锐利的直觉。
花满楼为陆小凤好友，出身于医学世家，自幼因病盲目，但有着高超的武功，和异常敏锐的听觉与嗅觉。 绣花大盗屡犯奇案，京城为之轰动。陆小凤被友所激追查此案，花满楼助之，二人终查出绣花大盗乃名捕金九龄，满楼与之打斗时檀香剑客杀出，刺死金九龄灭口。 西方圣教入侵中土武林，派卧底到中原各大门派，陆小凤、花满楼、西门吹雪察觉，并助各门派铲除奸细，三人更组织中原众高手一同深入楼兰。期间，小凤对薛冰的痴缠不胜其烦，却爱上风尘女子晶晶；满楼亦暗恋晶晶，但知其心仪小凤后黯然退出。晶晶本为圣教圣女，但她因恋小凤而不欲争教主之位。冰祖母薛夫人为救小凤而亡，使冰对凤心死。 中原另有一神秘隐形人组织与圣教暗中较劲，金九龄与檀香剑客均为其旗下杀手。隐形组织偷去圣教圣物罗剎令，使玉罗刹教主地位不保，并引起教中内斗。小凤等几经艰苦到神秘岛探查，得知隐形人组织首领为流云居士，其武功高深莫测，小凤与其契女牛肉汤施假婚之计才得以脱身。 某夜忽有女子潜入花家，被满楼察觉，女子自言名为慕容双，被歹人追杀，满楼相救。双深得花母好感，满楼也渐渐对双心生爱意。 吹雪妻子孙秀清被檀香剑客所伤，不治身亡。吹雪在小凤与檀香剑客打斗之时冲出，杀死檀香剑客报仇。岂料檀香剑客竟是满楼兄长花月楼，满楼悲痛欲绝。 冰离开花家独自飘摇，后偶遇流云，流云对冰悉心照顾，使冰感动，以身相许。 圣教长老日月二圣造反，欲废玉罗刹教主之位。晶晶为助玉罗刹平叛，勉为其难继任教主。小凤密探西方教坛，发现晶晶身份，大受打击，离晶晶而去，晶晶伤心不已，玉罗刹始道出她乃晶晶生母。 小凤等向中原武林公开流云的身份，流云约小凤公开决斗。小凤处下风之时，牛肉汤舍身相救，比武因而延期。西方圣教与隐形组织的争斗愈演愈厉，玉罗刹率众血洗珍宝岛；流云继而派人攻陷罗刹洞。玉罗刹约流云有所了结，原来二人曾有一段情，流云为晶晶生父。玉罗刹落毒欲同归于尽，岂料流云逃过大难，玉罗刹身死。 小凤与流云决战之期，全武林人士在旁观战。小凤施展绝技“凤舞九天”，将流云打落悬崖，流云经海底暗潜回珍宝岛。当夜雷雨交加，满楼与双双洞房花烛。暴风雨中海啸爆发，珍宝岛陆沉，流云、冰、牛肉汤均葬身大海。 小凤往楼兰寻晶晶，见其在神坛祈福，教众俯首，自知二人已无可能，返回中原继续其浪子生活。
本剧由四宗发生在香港，扣人心弦的真实刑案，带出四个令人惊惧的罪行。藉由一队重案组的警探办案实录贯穿而成，包括耸人听闻的「屯门色魔强奸案」，喧腾一时的桃色纠纷「溶尸案」，使市民提心吊胆的「大圈仔军火械劫案」，及「淫业大厦扫黄行动」案件，生动地描绘各阶层犯罪的人性丑恶。而编剧为了加强剧中人物与案件的关连性，特别穿插男女主角CID张兆军（林嘉华）、女CID丁兰（蓝洁瑛）、重案组总督察方伟（陶大宇）、扫黄组女总督察刘婉仪（梁婉静）及聂志华（张国强）一段微妙的五角感情关系，交错编织成属于都市人性化的实录档案。
产科医生王甫芬（张家辉 饰）天资聪慧，但又傲慢自负，对于女友死在他怀中，而自己却束手无策他始终心存愧疚。八年前，他与心内科医生齐百恒（林峯 饰）一块远赴非洲执行援外仼务，亲眼目睹了人类在大自然中生存的韧性，援外的八年中，他的人生观发生了巨大改变。回港后，他不再为名利所累，一切以病人为中心，在慈善家的资助下，开设了龙城医疗中心，专心致志为病人服务。百恒初入龙城，他十分惊诧甫芬的工作作风，甫芬为病人治疗不惧踏医学雷区，不按常理出牌，但往往效果出人意料的好，久而久之，近朱者赤，百恒被其人道主义精神所感染，更被甫芬“即医病又医心” 的品德所感动......
彼时，上海滩由马永贞（何家劲 饰）和白癞痢（陈鸿烈 饰）平分天下，段冷翠（李婉华 饰）在暗中帮助马永贞颇多，虽然她的真实身份是军阀之女，但面对意气风发的马永贞，段冷翠还是动了芳心。 马永贞一直醉心于京剧名伶柳菊池（俞小凡 饰），然而柳菊池却碍于马永贞帮派头目的身份而不愿于其交往。在经历了诸多的风波之后，柳菊池终于放下了对于身份的偏见，正视内心里的感情，和马永贞走到了一起。白癞痢的女儿白小蝶（范冰冰 饰），其真实身份竟然是马永贞失散多年的妹妹，和家人团聚之后，马永贞一行人决定除掉白癞痢，却不知这一决定改变了他们的一生。
Netflix已续订《囚网之内》第二季。
